国家自然科学奖
| 获奖项目 | 获奖等级 | 获奖年份 | 获奖人 |
| 高分辨率高精度胰岛素及去五肽胰岛素晶体结构研究 | 二等奖 | 1989 | 梁栋材、戴金璧、常文瑞等 |
| 酶活性不可逆改变动力学的研究 | 二等奖 | 1993 | 邹承鲁、王志新、赵康源等 |
| 胰岛素分子正确结构的形成和蛋白质二硫键异构酶 | 二等奖 | 1995 | 邹承鲁、王志珍、唐建国等 |
| 酶活性部位柔性 | 二等奖 | 1999 | 邹承鲁、周筠梅、周海梦等 |
| 蛋白质二硫键异构酶的分子伴侣活性以及分子伴侣帮助的蛋白质折叠 | 二等奖 | 2003 | 王志珍、邹承鲁、蔡晖等 |
| 血糖调节相关的调控型分泌的分子机理研究 | 二等奖 | 2008 | 徐涛、徐平勇、陈良怡等 |
| 纳米材料新功能的发现及应用 | 二等奖 | 2012 | 阎锡蕴、梁伟、汪尔康等 |
| 高等植物主要捕光复合物的结构与功能研究 | 二等奖 | 2014 | 常文瑞、柳振峰、匡廷云等 |
| 二价镁离子影响线粒体H+-ATP酶重建的研究 | 三等奖 | 1989 | 杨福愉、黄有国、张先锋等 |
| 羧甲基甘油醛-2-磷酸脱氢酶光照产生新荧光物的研究 | 三等奖 | 1989 | 邹承鲁、练永宁、赵康源等 |
中国科学院自然科学奖
| 获奖项目 | 获奖等级 | 获奖年份 | 获奖人 |
| 酶活性部位的柔性 | 一等奖 | 1989 | 邹承鲁、姚启智、刘维等 |
| 酶活性不可逆改变动力学 | 一等奖 | 1990 | 邹承鲁、田维熙、王志新等 |
| 蛋白质二硫键异构酶既是折叠酶也是分子伴侣 | 一等奖 | 1999 | 王志珍、邹承鲁、蔡晖等 |
| 江浙蝮蛇磷脂酶A2三维结构与功能 | 一等奖 | 2000 | 林政炯、周元聪、桂璐璐等 |
| 保持高活力的A1-D胰岛素与低活力的A1-L胰岛素结构研究 | 二等奖 | 1992 | 万柱礼、梁栋材等 |
| 蛋白质二硫键异构酶及二硫键在蛋白质结构中的作用 | 二等奖 | 1993 | 邹承鲁、王志珍、胡朝红等 |
| 微量元素硒与人红细胞骨架 | 二等奖 | 1995 | 杨福愉、林治焕、沃维汉等 |
| 山莨菪碱与膜脂、膜蛋白的相互作用 | 三等奖 | 1996 | 黄芬、陈建文、王苏民等 |
北京市科学技术奖
| 获奖项目 | 获奖等级 | 获奖年份 | 获奖人 |
| 藻类光合作用捕光蛋白－色素复合物的三维结构与功能研究 | 一等奖 | 2004 | 常文瑞、江涛、张季平等 |
| SARS流行病学研究 | 一等奖 | 2008 | 阎锡蕴（参与）等 |
| 禽流感病毒RNA聚合酶PA亚基的结构生物学研究 | 一等奖 | 2010 | 刘迎芳、娄智勇、贺晓静等 |
| 磁性纳米材料新功能的发现及应用 | 一等奖 | 2011 | 阎锡蕴、高利增、庄洁等 |
| 高等植物光合膜蛋白复合物的结构与功能研究 | 一等奖 | 2013 | 常文瑞、柳振峰、匡廷云、严汉池、王可玢等 |
| 新型肿瘤血管靶分子及其抗体药物研究 | 二等奖 | 2005 | 阎锡蕴、杨东玲、沈毅等 |
| 中国汉族人群高血压易感基因研究 | 二等奖 | 2008 | 陈润生（参与）等 |
| 抑制血管新生是抗肿瘤免疫反应的主要效应机制 | 三等奖 | 2008 | 秦志海、李志广、张齐翔等 |
其他奖项
| 获奖名称 | 获奖项目 | 获奖年份 | 获奖人 |
| 国家重点实验室计划先进集体(金牛奖) | 生物大分子国家重点实验室 | 1994 | // |
| 国家重点实验室计划先进集体(金牛奖) | 生物大分子国家重点实验室 | 2004 | // |
| 2004年中国十大科技进展新闻(两院院士评选振邦杯) | 我国科学家破解膜蛋白晶体结构难题 | 2005 | 常文瑞、柳振峰、严汉池等 |
| 2007年中国十大科技进展新闻(两院院士评选) | 磷脂-阿霉素自组装纳米胶束促进对肿瘤的渗透性 | 2008 | 唐宁、杜刚军、王楠等 |
| 陈嘉庚生命科学奖 | 蛋白质功能基团的修饰与其生物活性之间的定量关系 | 1989 | 邹承鲁、徐根俊、孙玉昆等 |
| 国家卫生部委科技进步奖 | 克山病心肌坏死的细胞分子机理 | 1995 | 杨福愉等 |
| 上海市科学技术进步奖 | 钩端螺旋体全基因组测序和部分功能的研究 | 2005 | 任双喜、赵国屏等 |
| 《全国杰出专利工程技术评审》预展项目 | 高效广谱抑制肿瘤生长和转移的新型抗体 | 2006 | 阎锡蕴、袁玖、李力等 |
| 国家科学技术进步奖（第三单位） | 中国人群高血压和冠心病遗传资源的收集和利用研究 | 2009 | 陈润生（参与） |