实验室一直秉承国家重点实验室倡导的“开放、流动、联合、竞争”精神，积极开展对外合作与交流。

实验室与美国、英国、德国、意大利、荷兰、澳大利亚、日本、新加坡、香港、台湾等国家和地区的多家高校、研究机构和学术组织，美国辉瑞公司（Pfizer）/丹麦诺和诺德（Novo Nordisk）、美国强生（Johnson & Johnson）等国际知名公司，以及国内清华大学、北京大学、北京生科所、中国科大、华中科大、中科院上海生科院、中科院药物所等优势机构保持了良好的合作与交流。

实验室主持基金委重大国际合作项目，科学院与国家外专局共同支持的创新国际团队项目等多项国际合作项目。通过中科院外国专家特聘研究员计划（Thomas A.Steitz、Johann Deisenhofer、东京大学Kuniaki Nagayama教授等）、外籍青年科学家计划（Elizabeth B. SAWYER、Pierre EZANNO等）等项目，邀请国外知名学者、青年科学家到本实验室进行短期访问或中长期合作研究。同时，实验室还通过互派人员、委托任务、共享平台、学术研讨等形式与国内相关单位开展各类合作研究。

坚持“开放合作、交流共享”的学术氛围，根据国家重点实验室管理相关文件精神，实验室制定了《生物大分子国家重点实验室开放课题管理办法》。紧密围绕实验室定位和建设目标，每年定期在网上发布开放课题申请指南，接受全国范围申请。实验室学术委员遵循辐射带动、强强联合、优势互补、扶植优秀青年科研人员的原则，负责对申请课题进行遴选。5年来，实验室共批准开放课题67项，共有34所国内外高校、科研院所、医院获得了资助并与本实验室建立了良好的合作关系。

实验室积极组织承办本领域高水平、高层次的重要学术会议，发挥实验室在学术传播的辐射带动作用。实验室举办了包括第十七届国际生物物理大会、国际暨全国生物物理大会、国际暨全国膜生物学学术研讨会、北京表观遗传学研讨会等系列会议。举办多次蛋白质晶体学、冷冻电镜技术等高层次技术培训班，积极培养蛋白质科学研究人才。

通过贝时璋讲座、室级学术报告、团队学术沙龙等多层次的学术活动，邀请国内外知名学者到我室做学术报告和交流访问，增进实验室与国内外同行的交流与合作。